כיצד מרכיבים קונטיגים לפיגומים?

2024 מְחַבֵּר: Miles Stephen | [email protected]. שונה לאחרונה: 2023-12-15 23:36

בעת יצירת טיוטת גנום, קריאות בודדות של DNA הן ראשונות מורכבים לקונטיגים , אשר מטבעם הַרכָּבָה , יש ביניהם פערים. השלב הבא הוא ל ואז לגשר על הפערים בין אלה מתחבר ל ליצור גַרדוֹם . ניתן לעשות זאת באמצעות מיפוי אופטי או רצף זוגיות.

באופן דומה, אתה עשוי לשאול, מה הם contigs ופיגומים?

א גַרדוֹם הוא חלק מרצף הגנום המשוחזר משבטים של רובה ציד שלם ברצף סופי. פיגומים מורכבים מ contigs ופערים. א contig הוא אורך רציף של רצף גנומי שבו סדר הבסיסים ידוע ברמת ביטחון גבוהה. במקרים מסוימים, פיגומים יכול לחפוף.

כמו כן, מה זה contigs בביואינפורמטיקה? א contig (מתוך רציף) היא קבוצה של מקטעי DNA חופפים המייצגים יחד אזור קונצנזוס של DNA. Contigs יכול אם כן להתייחס גם לרצף DNA חופף וגם למקטעים פיזיים חופפים (פרגמנטים) הכלולים בשיבוטים בהתאם להקשר.

בהקשר זה, כיצד מרכיבים קונטיגים?

הסט של רצף ה-DNA החופף של שברי ה-DNA ידוע בשם a contig . קונטיג מיפוי הוא תהליך שבו נמצאים שיבוטים חופפים התאספו לרצף את החפיפה הזו. זה כרוך בהסדרת contigs בסדר ובאוריינטציה. שיבוט contigs יכול להיות אוטומטי התאספו באמצעות רצפי ה-BAC-end שלהם.

למה קנטיגים חשובים?

קונטיג הרכבה היא חָשׁוּב שלב בהרכבת הגנום. לצורך מיפוי, מרכיבים שיבוטים חופפים לרצף זה. כל פרגמנט משובט בווקטור ורצף משני הקצוות כדי לייצר אורך רצף של כ-600-700 bp. הרצף משני הקצוות של קטע ה-DNA נקרא קצה זוג.